Pode sim. A rede Windows tem uma entidade chamada "local browser", que é responsável pela enumeração das máquinas que estão na rede.
De tempos em tempos, há uma eleição entre as estações pra saber quem deve ser o "local master". Também, quando uma máquina entra na rede, ela pode pensar que tem mais direito de ser "local master" do que as outras, e assim força uma nova eleição.
Máquinas com versões Server do Windows têm prioridade pra se tornarem "local master".
Como o Samba simula uma estação windows pro resto da rede, você pode escolher se ele vai agir como Server ou não. O que eu te sugiro é que você configure suas máquinas Linux pra não serem "local master", e deixar esse serviço com as máquinas windows. Não que elas funcionem melhor, mas com menos gente brigando pelo posto, o serviço deve funcionar melhor.
Vc iria configurar seus /etc/samba/smb.conf assim:
local master = no
preferred master = no
Vc pode também tomar o caminho inverso, e usar uma (e somente uma!!!) das máquinas Linux pra "pôr ordem na casa", tornando-a obrigatoriamente o local master pro segmento e pro grupo de trabalho.
local master = yes
preferred master = yes
os level = 100