Sempre trabalhei nas minhas empresas com contas root e não penso fazer de outro modo. Tudo depende do que se pretende e do nivel de protecçoes que se colocam. O maior risco será a possibilidade de "asneiras graves", fora isso, e em muitas situações, é quase impossivel trabalhar sem conta root. Por exemplo, aceder a vários servidores Ubuntu e Windows, rotinas que trabalham em NFS e NTFS simultaneamente com mapeamentos NIS/Samba, estruturas com grandes números de utilizadores divididos por departamentos, etc. Alguém tem de ser root e tomar a responsabilidade, ou então passar os dias a configurar permissões por todo o lado...