Olá, iago010
acho que você está se referindo à posição dos aplicativos dos paineis. Pra movê-los de lugar, na maioria dos casos é só clicar com o botão direito em cima e escolher mover no menu que aparece. As exceções são a lista de janelas e a área de notificação: é só clicar com o botão esquerdo sobre a extremidade esquerda dos dois (em geral tem uma linha separando, ou um traço, ou três traços, ou três botõeszinhos, dependendo do tema gtk), e arrastar.
abraço