Pessoal, essa é pra quem tá passando por algo semelhante.
O problema foi resolvido da seguinte maneira:
1° - só deixei as pastas de tamanhos 16x16, 22x22, 24x24, 32x32, 48x48 e 72x72;
2° - troquei o nome da pasta de 128x128 por scalable;
3° - troquei o arquivo index.theme do tema que estava querendo instalar, no caso o Oxygen-Refit 2 Black, pelo do Gnome-Step-Into-Freedom;
4° - reiniciei o X.
E voilà! Os ícones pareceram normalmente em Locais!
O único inconveniente é que na hora que escolher o ícone a ser usado, aparecem dois com o mesmo nome.
Mas isso é besteira...
PS: também funcionou com o tema Hydroxygen, mas ainda não consigo mudar os ícones que fazem parte desse pacote, pois ainda não consegui editar o scrip que vem junto.