Olá,
este é o seu hd externo?
Bus 005 Device 002: ID 1bcf:0007 Sunplus Innovation Technology Inc.
compare com => Bus 007 Device 002: ID 0b97:7761 O2 Micro, Inc. Oz776 1.1 Hub
como pode ver, o Linux diz que ele é USB 1.1, então a taxa pode ser baixa mesmo.
Outra coisa é a influência do sistema de arquivos. Se seu HD estiver em Fat ou NTFS o GNU/Linux faz um esforço a mais nas verificações de redundância pois NTFS não é muito bem "digerido" pelo sistema.
Mais um agravante pode ser a miliamperagem da porta USB, o ideal seriam 500mA, mas uma maquina pode ter possivelmente uma entrega de potencia de 400mA por ex. o que levaria a taxas mais baixas também. Isto tudo em teoria, pois somente medindo as portas com um miliamperímetro para saber.
Finalmente temos a questão do kernel e versão do Ubuntu. Na versão 9.04 existia um gargalo no kernel que provocava isto, parece que na 9.10 isto já foi sanado nos kernels mais atualizados.
como você pôde ver, alguns teste e experimentações devem ser feitas para uma conclusão precisa.
[],s