Bocage, que programa é esse e onde eu baixo?
Para rodar os .jar você precisa da máquina virtual JAVA.
Se já tivet instalada, basta digitar:
java -jar bluej.jar
Acho que no nautilus clicando o botão direito, ou até 2x no ícone ele deve carregar automático.
O Java JRE da SUN tem nos repositórios também, é só procurar e instalar.