Não tem problema nenhum. Pode instalar.
Aqui mesmo tenho o vista 32bits que veio no notebook e instalei o ubuntu 64bits, já que tenho 4Gb de RAM.
(Acho absurdo, mas veio o vista 32bits em um notebook com 4Gb de RAM e portanto só enxerga 3,3Gb quando estou no vista - quase nunca)
Para o ubuntu a partição do vista é apenas outra partição. Não importa se tem vista 32 bits ou 64 bits instalado nela. O mesmo vale para o vista, só que no caso do vista ele nem deve ler a partição do ubuntu, já que ele não "entende" o sistema de arquivo do linux (existem programas para contornar isso).