Tenho o mesmo problema, inclusive já havia tentado o que os colegas indicaram... mas como é algo que nem incomoda tando larguei de lado.
Caro Nossile, logo após ter respondido para o flsantos, acabei achando a solução para o problema.
Sei que estas notificações passaram a existir no Ubuntu só nesta última versão (9.04) e lembrei-me de que havia a opção de instalá-las no Ubuntu 8.10, assim verifiquei qual era o nome do pacote que as instalaria nas versões anteriores, descobri que o nome é notify-osd. Resolvi fazer um teste, removi pelo Synaptic o pacote notify-osd, encerrei a seção e fiz um teste com as notificações. Felizmente agora elas voltaram ao padrão anterior, muito melhor pelo menos no meu caso que uso o notification de e-mail e ele fica mostrando avisos de e-mail para mim o tempo tempo, então, neste caso, estava me incomodando muito.
Se quiser tentar o mesmo procedimento, depois me diga se deu certo, comigo está funcionando certinho.
Flsantos, muito obrigado pela sua disposição em me ajudar, graças a sua dica consegui resolvi, muito obrigado. Valeu mesmo.