Se for igual no GNOME, esse arquivo é apenas um backup, para evitar a perda de arquivos por eventuais problemas (quedas de energia, etc.), para mudar isso (se houver a possibilidade, lembrando que uso GNOME), vá nas preferências do editor de texto, provavelmente nas opções relacionadas ao editor (no GNOME é na guia "Editor" das preferências do gedit, na opção "Gravação de arquivos", a opção é: "Criar uma cópia de backup dos arquivos antes de salvar"), encontrando a opção que faz backup dos arquivos, basta desmarcá-la e pronto.
Abraços