Clique com o botão direito na area de trabalho e selecione "criar lançador".
No campo TIPO você pode selecionar terminal ou aplicação, se selecionar terminal, o terminal será aberto e o script executado dentro dele.
Selecione terminal se o seu script necessita de entrada de dados, ex: "Informe o numero tal?"
Se selecionar aplicação, dependendo do script, ele será executado e nenhuma tela será exibida.
Defina o nome do script no campo NOME e na linha comando coloque o caminho para o seu script.
No campo COMENTARIO coloque o que quiser.
Salve e execute-o.
Ex: Se o seu script estiver salvo em /usr/bin com o nome de meuscript.sh, ao criar o lançador, no campo comando, não precisa colocar o caminho do script, apenas o nome meuscript.sh.
Para tornar um script executavel como lhe foi informado, o comando pelo terminal é sudo chmod +x meuscript.sh, mas ainda sim é preciso criar o lançador para eliminar essa tela. Afinal, ainda é necessário informar ao script se ele deve ser executado em um terminal ou simplesmente ser executado como uma aplicação comum. É justamente isso que a criação do lançador faz, eliminando assim a necessidade de ter que clicar em executar ou executar em um terminal.
Abraço.