Bem... Não instale pelo Wubi, amigo.
Inicie pelo Live CD. Só colocar o CD no drive e reiniciar o PC. Se ele não bootar pelo CD, basta entrar no Setup do computador e mudar a ordem de boot. (aperte Del enquanto seu PC iniciar e ele entrará no Setup. Antes, procure saber como mudar a ordem de boot que é um negócio complicado, pois no setup aparece o modelo de seu HD e Drive de CD.)
Escolha a linguagem e teste o Ubuntu sem qualquer mudança no HD. (recomendo!) Daí é só ir no Gparted, escolher o outro HD, clicar com o botão direito na partição que tem lá e ir em "Excluir partição". Agora clique novamente com o botão direito e clique em "Nova Partição". Escolha o sistema de arquivos Ext3 (caso use Ubuntu 8.10) ou Ext4 (se usar Ubuntu 9.04, pode usar tanto Ext3 quanto Ext4)..... Aí você instala clicando no ícone de Instalar Sistema no Computador.
Mas se não quiser fazer esse processo, simplesmente clique em Instalar sistema no computador e vá seguindo as instruções. Na hora do particionador, escolha que quer instalar inteiramente no outro HD. Daí avance e continue a instalação