Que bom ter ajudado. Essa é uma das grandes diferenças entre Ubuntu e Ruindows. Com Ubuntu, se você tem um problema você pode abrir o capô e arrumar. Com Ruindows, tem que levar na concessionária. :-)
Sempre que o sistema estiver muito lento, usa o comando "top" para ver a tabela com a lista dos processos que estão devorando mais CPU e memória. Se tiver qualquer coisa muito exagerada (no meu caso, por exemplo, o "trackerd" estava usando 90% da CPU) e você souber a função do processo você pode interrompê-lo usando o comando "kill". Basta ver na tabela o número do processo em questão (PID) e usar o comando "kill [NÚMERO DO PROCESSO]".
O Tracker está com um problema na indexação que ainda não resolvido. Se você não usa o tracker pode removê-lo com "sudo apt-get remove tracker". O Beagle é um substituto temporário.
Sobre o Compiz, eu não conheço muito. Sugiro que você dê uma pesquisada e abra um tópico específico no fórum. Vai ser difícil que alguém tropece na sua pergunta por aqui. Desculpa não ajudar quanto a isso.
Boa sorte aí.