Após alguns testes consegui resolver o que queria
Fiz o seguinte, a título de teste fiz as pastas de entrada e saída:
mkdir teste-entrada1 teste-entrada2 teste-saida1 teste-saida2Depois criei arquivos de teste nas pastas teste-entrada1 teste-entrada2
touch /home/marcelo/teste-entrada1/123456
touch /home/marcelo/teste-entrada2/abcdefDepois criei um arquivo de texto chamado rsync
touch rsyncEditei o arquivo colocando as seguintes linhas
rsync -av --delete --progress /home/marcelo/teste-entrada1 /home/marcelo/teste-saida1
rsync -av --delete --progress /home/marcelo/teste-entrada2 /home/marcelo/teste-saida2Depois dei permissão de execução
chmod a+x rsyncE finalmente executei o arquivo
./rsyncFuncionou perfeitamente! Pode parecer uma besteira, mas de qualquer maneira fica aí a dica.
Um abraço a todos
Marcelo