no windows eu utilizo um programa q monitora a temperatura do processador, ele sempre acusa entre 30 e 40° C no .
maximo.
ja no ubuntu ele acusa 58°C !!
meu precessador eh um sempron 2.0
Além de fazer o que o FaBMak te indicou, verifique no BIOS quais as temperaturas estão marcadas para ele desligar o Micro.
Aqui tenho um XP 2600 e mesmo quando uso o Folding Home, ele não passa dos 55 Graus e nunca desligou nada.
Há, já fez o teste do dedômetro no dissipador do Cooler?
Outra coisa, que placa Mãe é a sua? O BIOS tá atualizado? Muitas vezes são lançadas novas versões do BIOS para correção de leitura da temperatura.