É questão cultural, há quem diga que poucas aplicações são compatíveis com 64 bits, mas eu uso Debian 64 bits e Ubuntu 64 Bits sem problemas, agora todos os problemas foram resolvidos quanto a codecs multimédia e ao flash, creio que a melhor alternativa é o 64 bits, o desempenho é pouco considerável, mas é um ganho.
Você pode instalar 32 bits, que tem "maior" suporte. Apesar de eu nunca ter tido problemas com 64 bits, se você pesquisar, verá que eles existem...