eu acho q o problema não é a padronização ou a falta dele no métodos de instalação. acho q deve ser difícil mesmo portar um software para linux em termos de custo-benefício. ainda somos poucos, menos de 1%, e frequentemente não compensa para quem trabalho na metodóloga tradicional (close source) porta um produto para linux.
se linux se tornar inda mais rentável um dia, ai podemos ter (pagar) mais profissionais com dedicação total no desenvolvimento de aplicações desktop. eu imagino q na parte de kernel, segurança e rede, entre outras, conta com verdadeiras "feras" bancadas por empresas q se dedicam integralmente ao seu desenvolvimento. eu já não acredito que aplicações desktops tenham a mesma atenção em termos de qualidade/tempo/renumeração dos seu desenvolvedores.
para q o lnux deixe de ser um sistema marginal, serve uma explosão no número de usuários. o q não acredito, pois mesmo com o grande erro q foi o Vista o linux não estava pronto para o usuário comum. vc pode até dizer, "mas linux não é pra todos", nem menos é só para 1%. As pessoas preferiram mudar o hardware, subutilizá-lo com vista ou pagar uma fortuna num mac e ter os mesmo problemas de adaptação do linux q era de graça. isso significa q tem alguma coisa errada ou faltando.
nestes último anos vi as pessoas migrarem pro mac, o windows sendo consertado e vem ai o s7ven. enquanto isso o linux nada fez, ainda nas mesmas discussões de 2006 (padroniza pacote, abre código dos drives, ...)
eu gosto muito do linux/ubuntu e acho q ele é adequado a mais de 1% de usuários. tem muita coisa boa nele, porem alguns gargalos demoram muito para serem superados e agente vai ficando pra trás .