Também estou com o mesmo problema, instalei recentemente o KDE4 no meu Kubuntu Hardy.
Habilitei apenas os efeitos de janelas mais leves, de minimizar, maximizar, abrir, fechar, sombra e transparência da barra de título; uso poucos widgets.
Tenho uma ATI Radeon x300 128MB e instalei o driver proprietário; quando usava o KDE3 sem efeitos 3D, as aplicações funcionavam perfeitamente.
Os aplicativos 3D como jogos e o Blender agora ficam piscando (flicker), alguns menos, outros mais. Mas o jogo Extreme Tux Racer funciona perfeitamente, talvez porque seja leve demais.
Será que se mudar o "Tipo de Composição" nas "Configurações da Área de Trabalho" mude alguma coisa, em vez de OpenGL, colocar o XRender? Alguém sabe algo sobre ele?
Flw.