Uma outra alternativa (que eu acho mais interessante) é utilizar o Okular, isso para quem não vê problemas em utilizar um programa do kde 4.
Já testei o okular e uma vantagem dele em relação ao xournal é que o realçador de linha (yellow highlighter) reconhece a linha e fica por trás do texto. O xournal converte o PDF em uma seqüência de imagens e as anotações, na verdade, são feitas sobre essas imagens. Por isso, ele não reconhece onde está o texto e marca de amarelo exatamente o caminho percorrido pelo cursor. Além disso, o realce do xournal é uma mancha semitransparente, o que dificulta a leitura do texto "realçado". De fato, o texto é mais ofuscado do que realçado. A nitidez do texto no okular também é melhor porque estamos visualizando o PDF e não o arquivo convertido em imagens.
No mais, prefiro o xournal. Não descobri como modificar as cores das linhas, polígonos, realce, e de outras ferramentas no okular. Também prefiro a forma simples como o Xournal adiciona texto ao PDF. Parece que o texto foi impresso e as anotações foram feitas no papel. Mas esses aspectos de usabilidade são questões de gosto. Para mim, o fator determinante na escolha do xournal foi a sua capacidade de exportar o resultado para um novo PDF. Nesse momento, ele não usa as imagens criadas para a edição; usa o PDF original e acrescenta as anotações, produzindo um ótimo resultado.
Preciso salvar as anotações em um novo PDF e enviá-lo para o autor original do texto, que deverá ficar livre para usar qualquer visualizador de PDF. Além disso, quero ser capaz de mudar o PDF de lugar sem perder as anotações. Não descobri como fazer isso com o Okular. É possível?