olha eu tava rodando a versão do clamav 0.92 e ele sempre me pedia para atualizar para a versão 0.93, fiz a atualização normal sem problema algum. Depois de alguns dias saiu a versão do clamav 0.94 e fiz também a atualização sem problema algum, inclusive é o que esta no post.
você pode tentar remover a versão nova a 0.94 pelo synaptic, geralmente ele guarda as informações dos programas instalados como caso do clamav 0.94.
quanto a diferença entre as versões que vc menciona, é que na instalação foi colocado como modo experimental, e ele pede para instalar a versão 0.94 normal, tente refazer a instalação do clamav 0.94, sem a opção "./configure - enable-experimental" use so "./configure" e reinstale tudo novamente que ele vai atualizar para a versão normal invés a experimental.
tenta fazer isso, qq coisa posta o resultado, o restante vc segui segundo o tutorial.