Bom na linguagem C/C++ tem algumas direfencias mais voltado a grandes softwares....
Talvez algumas duvidas que vc tenho possa responder, como
o Linux rodas aplicativos do Windows?
Alguns, com ajuda do interpretador(do qual muitos pensa que e um emulador mas nao e) chamado wine,
mas imformacoes em
http://www.winehq.orgUm programa em C/C++ no Windows e igual no Linux?
Obs.: usando a biblioteca padrao de C ou C++
Com o mesmo codigo fonte pode ser usado no windows tanto no Linux, mas os programas executaveis sao diferentes...
A linguagem em C/C++ e a mesma e igual, nao importa a plataforma!!!
A questao do assembly acho que deve ser a mesma coisa, a linguagem e a mesma o que muda e na hora de compila(a ordem dos bits...).
Ja a linguagem JAVA e multiplataforma para tudo tanto em lingua e compilacao, desde que tenha o java instalado!!!