Kra por onde é que eu começo!!!!
Tô usando Ubuntu a 1 mes e o que pude perceber:
-As pessoas (maioria) usam rwindows porque já vem no pc delas. Fazendo o marketing ao pinguim esses dias e varia pessoas me perguntaram "Mas o xp num é melhor que linux, porque voce mudou?"
ou seja gente (eu tambem era assim) usa porque os outros dizem que é melhor!
-A falta de união entre as distros, elas não tem um formato de pacote que serve para todas elas, aí muita gente vai dizer que tem o .tar.gz ou . bz2 mas as pessoas não querem ir ao terminal e digitar uma serie de comandos para instalar um programa, elas querem um formato em que vc clique em cima e instale como acontece com o .deb ou .rpm em distros baseadas e redhat.
-Muitas vezes não se tem um driver para determinada placa ou muitos do forum não sabem como instalar um driver e por consequencia não sabem como passar a outros.
-Muitos programas não tem pra linux que um bom exemplo Ares, por isso ainda usamos o Wine (maravilhoso) que nos possibilita executar alguns programas.
Fora isso o Ubuntu/Linux tanto faz, é muito superior ao rwindows vc não tem que desfragmentar hd, usar antivirus programa pra limpar pc e esse monte de besteira que tinhamos que usar lá!!!
Enfim eu acho que é isso.