Existem varias formas, a mais usual é instalar a .iso, mas vc pode instalar diretamente no pen drive como se fosse em seu hd normal, o problema é o espaço, é requerido 4 gb para a instalação, o que eu pensei em fazer era instalar no hd, copiar para o pen, mas com algumas partições compactadas, existe o squashfs, que é o tipo de compactação dos live cd's que pode ser montado via fstab e é bem rápido, ele comprime 2gb em um live cd de 700mb, mas ele é de mão unica ou seja, depois de compactado não pode ser editado e o nivel de compactação é bem alto, eu queria um sistema igualmente rapido, de mão dupla e que possa ser montado via fstab assim como o do win que no caso monta a partição normalmente!!!