Luciano, eu uso o wine para emular alguns softwares em delphi com interbase, além de outros aplicativos de comunicação interna. não é preciso configurar muitas coisas na instalação do wine, pra dizer a verdade quase nada, a unica coisa que tive que fazer foi copiar as fonts do windows para .wine/drive_c/windows/fonts.
Sugiro que vc faça o seguinte, remova e instale de novo através dos comandos:
sudo apt-get remove wine
sudo apt-get install wine
Para executar via terminal digite: wine nome_do_programa
para usar atalho não precisa usar o wine basta o caminho, ex: /home/usuario/pasta/programa.exe
A maioria dos programa que vc copiar para dentro de /home/usuario/.wine/drive_c/ vc consegui instalar, fiz isso por exemplo com o BDE para rodar programas em delphi.