Pelo que entendi é mais como o
vinicius_aleao falou. No Linux você tem algo chamado PATH, que é uma lista de diretórios padrão para os arquivos executáveis (aplicativos, o programa binário - normalmente). Quando você instala algum programa através de pacotes DEB, seus executáveis sempre são colocados nestes diretórios que podem variar de distribuição para distribuição. Por causa disso podemos executar aplicativos apenas escrevendo seu nome.
As pasta que você quer normalmente são /bin, /usr/bin e /usr/local/bin. Mas se quiser abrir um aplicativo que não está no menu (como disse) abra um terminal (konsole, gnome-terminal, xterm, etc) e escreva o nome de seu binário ou tente pelo menos
apenas com digitando uma ou duas letras e apertando a tecla TAB, assim toda vez que você apertar o TAB uma lista de programas vai aparecer em baixo numa tentativa de te ajudar a completar o nome, olhe qual seria o nome do aplicativo que procura e termine de escrever, aí é só apertar ENTER que o programa vai se abrir.
Exemplo:
Quero abrir o MPlayer e seu atalho não está na lista. Se digito 'mp' e aperto TAB aparece algo próximo disso:
viruscg@pootz:~$ mp
mp2enc mp3rtp mpeg2enc mpexpand mplayer
mp32ogg mp3x mpeg3cat mpg123 mplex
mp3-decoder mpartition mpeg3dump mpg123-alsa mpost
mp3gain mpeg2dec mpeg3toc mpg123-oss mpto
mp3info mpeg2desc mpegtranscode mpg321 mptopdf
Olhando na lista vejo que o nome dele é mesmo mplayer, então eu posso terminar de escrever isso e apertar ENTER ou escrever apenas as letras 'la', pressionar TAB e apertar ENTER, pois para 'mpla' só existe o nome 'mplayer' na lista que pode completar. Entendeu?
PS: Para abrir o mplayer com a telinha que se está acostumado, deve digitar gmplayer (GUI MPlayer) pois o mplayer apenas é para abrir vídeos em modo texto, ou seja, escreve-se mplayer e o caminho para o vídeo que deseja assistir.
flws!