para tratamento de imagem, vê se o imagemagick (comando 'convert') é suficiente para aquilo que precisas....
para outras situações, programas como ffmpeg, gifsicle, pdftk, etc. também fazem maravilhas (cada um na sua área...), é uma questão de andares à procura daquilo que precisas
se não for, escreve abaixo uma lista de hipoteses que gostavas de ver possíveis por linha de comando
sugerir forums, autores, mailinglists, etc. (e sugerir com código, para quem gosta de programar, ainda é melhor...) de programas open-source que gostavas de ver interagindo com linhas de comando também pode ser uma boa hipótese, e podes surpreender-te com algum feedback, como o suporte do xml no Inkscape foi a partir de uma sugestão minha, ainda na época do Sodipodi...