Todos scripts (tem um script para cada serviço) executados no boot ficam na pasta /etc/init.d
As pastas /etc/rcX.d contem apenas links simbólicos para os scripts na pasta /etc/init.d que devem ser executados para o runlevel X.
Ou seja, se vc quizer dezabilitar um serviço para que ele não seja ativado no boot, basta tirar a permissão de execução (não precisa apagar) do script na pasta /etc/init.d e ele será desabilitado para qualquer runlevel. Se quizer voltar como era antes basta dar novamente permissão de execução para o script.
Já pra criar um novo serviço é o mesmo raciocínio. Coloca o script na pasta /etc/init.d e cria o link símbólico na pasta /etc/rcX.d correspondente ao runlevel que sua máquina inicializa (acredito que no Ubuntu o padrão seja 2, mas não lembro com certeza).
Isso tudo eu li faz tempo e tô escrevendo só pela memória. Então posso estar um pouco enganado em algum detalhe, mas no geral é isso.