Eu andava aqui algum tempo a pensar como poderia fazer isso e afinal é tão simples
Primeiro abra o terminal e clique em editar-Perfil actual:
Como vêm podem escolher quão transparente querem o terminal, e até podem escolher se querem usar uma imagem de fundo.
Simples, não? O gnome não pára de me surpreender!
Já agora fica outra dica. Se quiserem abrir o terminal com botão direito do rato, instalem este pacote.
nautilus-open-terminal