Toda a ferramenta linkada no Menu Sistema (por exemplo, instalando o Compiz-Fusion, o ccsm é linkado lá) vai parar no Gnome Control Center. É esta a idéia, criar algo como o painel de controle do concorrente, onde tudo que tem a ver com o Sistema fica disponível.
Eu, pessoalmente, concordo com essa política. Basta que as ferramentas faltantes (configuração do GRUB, do Xorg etc.) sejam criadas (e, aos poucos, elas estão sendo criadas).