O meu em casa está correto, e aqui no trabalho também.
Você tem que ver se ele está setado para UTC ou não, Se estiver errada essa configuração, fica uns 3 horas de diferença, pois ele vai achar que a hora do sistema está para o horário de Greenwich.
Aqui no meu tenho configurado no sistema:
Fuso: America/São_Paulo
Sincronização com servidores externos ativada.
No gDesklets, o meu relógio é o Gnome Clock, que está configurado para Timezone LOCAL (ele pega o do SO). Se eu colocar para São_Paulo também fica certinho.
Ah, e cuidado que se você tiver o Windows instalado ele pode modificar a hora se tiver outra configuração e é um saco mesmo...
Abraço...