Não bastaria criar um lançador na área de trabalho? (com o botão direito do mouse)
Criar lançador, dar um nome a ele, escolher o ícone e na linha comando, digitar o comando que se quer, exemplo:
mono /home/usuario/MensagemWeb-1.8.exe
e pode ser qualquer comando apontado para qualquer diretório, com sudo antes se necessário.
Abraços,