Esse problema das tooltips me enchia a paciência desde a minha primeira instalação do Beryl.
Revirei a Net e não consegui achar nenhuma solução para remove-las do painel, apenas inúmeros usuários querendo fazer isso.
Parece que vamos ter que aguardar o pessoal do Gnome integrar o Compiz nele para que uma opção de remove-las do painel seja disponibilizada.