é mais ou menos normal, provavel que não estão setados os diretorios virtuais dele, primeiro vc entra no wincfg dai vai na aba de diretorios/drivers (naum lembro o nome agora) e clica no auto-detect...
ele provavelmente vai achar os drivers que ele acha certo... por exemplo /home/usuario/.wine/drive_c é o c da maquina, em baixo dele está a arvore que é respectiva ao windows falso... ali que ficam os programas instalados, o restante dos drives são CDs entre outros locais...
se vc apontar pra outro lugar tem que copiar a pasta toda pro outro lugar....