Aprendi isso a pouco tempo, essa resposta já está no fórum mas eu reuni as informações e organizei elas melhor.
Com o 3d Desktop instalado (vide a dica 3d desktop aqui nesta seção), um jeito mais fácil de acessá-lo é criando um atalho no teclado. Para isso abra Aplicações >> Ferramentas do Sistema >> Editor de configurações. Agora do lado esquerdo, abra o menu Apps, depois abra o Metacity.
Em global_keybindings você diz quais as teclas que usará.
Em keybindings_commands você diz o comando que usaria no executar.
Clique em keybindings_commands e de dois cliques no command_1. Agora digite o caminho para o 3d desktop:
/usr/bin/3ddesk .
Vá em global_keybndings e ache o run_command_1. Dois cliques. Agora você escolhe o atalho, eu escolhi F2, para isso basta digitar F2.
Agora teste.
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Espero ter ajudado alguém!