No windows é possivel manter varias versoes diferentes do java instalado, e definir qual a versão utilizada em cada projeto no Eclipse. Dessa forma, é possivel manter projetos antigos, que utilizam versões já utrapassadas da vm, em uma maquina que esta com as versoes do java atualizadas.
Acredito que essa funcionalidade tenha sido mantida no linux, para manter essa compatibilidade com projetos que necessitam de versoes antigas. Por exemplo se vc estiver desenvolvendo um sistema para um cliente que utiliza uma versão antiga do java, ao inves de desinstalar a versao atual que vc tem instalada e instalar a versao do cliente, vc pode apenas instalar a versao do cliente e apontar para o eclipse utilizar essa versao no projeto.
See yah.