Depois de dar uma pesquisada eu descobri que o Grub dá suporte sim ao Vista. Alguns aparentemente tiveram problema para sobrepor a MBR do Vista, mesmo instalando o Ubuntu depois. Li também que só a versão mais cara permite o acesso à MBR. Não confirmei nenhuma informação.
Você pode tentar usar o Vista na HD secundária, instale primeiro ele depois o Ubuntu (sempre assim).
Outro jeito é adicionar o Vista à mão no Grub.
No terminal faça:
sudo grub
root (
Depois do parênteses precione "tab". Você vai ver:
grub> root (hd0,
Pressione "tab" novamente.
grub> root (hd0,
Possible partitions are:
Partition num: 0, Filesystem type unknown, partition type 0x7
Partition num: 2, Filesystem type is ext2fs, partition type 0x83
Você vai receber uma resposta parecida. "Filesystem type unknown" se refere ao Vista, então anote o numero dessa partição (ou HD).
Execute:
ALT + F2
gksu gedit /boot/grub/menu.lst
No fim do arquivo adicione:
title Microsoft Windows Vista
root (hd0,0) #Lembra do número da partição do Vista?
savedefault
makeactive
chainloader +1
obs: Eu usei um tutorial de uma HD particionada, não em duas HDs, alguma coisa pode não funcionar ou ser diferente, mas como você disse que instalou o Vista na HD principal eu acho que o numero da HD que você tem que colocar nas linhas do menu.lst é o mesmo da explicação.