Então, foi o que falei no final, o dpkg-reconfigure faz um backup do seu xorg.conf, se alguma coisa não sair como você queria é só copiar o arquivo xorg.conf.xxxxxxxx por cima do xorg.conf novo.
A interface é bem intuitiva, a primeira coisa é seleciona o driver de video, no seu caso fglrx, depois vem as opções de teclado, monitor, vá lendo com cuidado, qualquer dúvida comente.
PS: Se quiser realmente mudar somente a resolução teria que editar o arquivo /etc/X11/xorg.conf, o que no caso seria mais complicado que usar o dpkg-reconfigure xserver-xorg.