Se entrar pelo gerenciador de arquivos/desktopt o arquivo estará lá, mas frequentemente numa edição ou qualquer operação na área de trabalho, como deletar alguma coisa, o ícone do arquivo some.
Vi que este assunto é frequente e foi ou está sendo tratado pela comunidade. Há algumas dicas pela web para tentar driblar o problema, mas não achei nenhuma que se refira à resolução.
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-shell-extension-desktop-icons/+bug/1883174Alguém sabe se isso foi resolvido?