Rapaz, uma coisa que vc precisa se conscientizar é que não existe sistema seguro ou inseguro, existe sistema bem administrado e sistema mal administrado. Se você pega instala uma máquina Ubuntu e não faz o seu dever de casa, está só preparando o salão pros script kiddies fazerem a festa.
Pra começo de conversa: sua máquina não tinha firewall? Só essa providência já teria evitado boa parte dos ataques.
Duas coisas que o invasor precisa pra atacar uma máquina são um acesso desprotegido e tempo pra fazer o ataque. Sua máquina é de estudo? Fica ligada o tempo todo? Precisa realmente ficar? Se não precisa, desligue-a quando não estiver em uso.
Em matéria de acesso desprotegido, não há acesso mais exposto que o console da máquina. Não importa que a máquina fique trancada numa sala, se alguém tem algum acesso ao console dela, tem inúmeras formas de invadí-la. Nunca deixe sua máquina destravada, não use login automático, ative o bloqueio de tela quando se afastar dela.
Considere ainda usar uma máquina virtual. Dá pra fazer muita coisa na máquina virtual, de repente mais até do que você pensa. Você pode levar sua máquina virtual consigo, em um pendrive ou hd externo.
Outra coisa importante, não alimente os trolls. Conhece um fanboy? Não o provoque. Não o desafie. Não dê a ele motivação pra te invadir. Ninguém precisa saber que você tem um servidor Ubuntu de estudo. Não deixe que o orgulho seja sua ruína.
Por fim... aconteceu? Aprenda com isso. Tente descobrir como você foi invadido, quais falhas havia nas suas defesas. Leia. Releia. Leia mais. Cada falha é uma oportunidade de aprendizado. Não a deixe escapar.