Quanto ao Sicoobnet Empresarial propriamente dito, não conheço objetivamente o banco/cooperativa de crédito e nunca fiz acesso a ele, por conseguinte, tudo o que digo adiante é simples palpite e não conhecimento real.
Vejo no site do próprio que ele diz:
"Para acessar o Sicoobnet Empresarial você precisa de um computador com acesso à internet.
Abaixo seguem os requisitos minimos do sistema:
• Sistema operacional: Windows 98, 2000, XP, Vista e 7; "
https://empresarial.sicoobnet.com.br/instalador/Se for realmente um executável do tipo .exe então precisa de fato da plataforma Windows, ou então poderá experimente ver se roda dentro do Wine ou, ainda melhor, dentro de uma máquina virtual do tipo VirtualBox, dentro da qual se faz uma instalação de Windows, caso tenha algum aí.
Mas como disse, isso se for realmente um executável .exe, próprio do Windows, aqui não consigo ir adiante para verificar, pois é necessário identificação concreta no sistema deles, através de dados da conta, o que evidentemente não possuo.
Pede ainda o Java instalado e vi lá no site que sem ele sequer começa a instalação, então é melhor ter a última versão do Java Oracle instalado.
Verifique se tem o java instalado fazendo:
java -version
Atualmente deverá indicar "1.8.0_121" como versão atual.
Confirme ainda se realmente está instalado a partir do site da prória Oracle:
https://www.java.com/en/download/installed8.jspCaso precisa instalar, consulte esse tópico:
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,110854.msg615488.html#msg615488