Olá maurov, faltou dizer qual o sistema de arquivos em que esse HD foi formatado. Se for NTFS ou VFAT, por exemplo, há opções essenciais que precisam ser configuradas pra que o acesso funcione a contento.
Já sistemas de arquivos nativos podem exigir outros cuidados.
Em particular, eu verificaria:
1. Que o usuário do apache (se não me engano é "www-data") tem acesso de execução em todos os diretórios do caminho, tanto no caminho real, quanto no link simbólico. O acesso de execução, num diretório, define se um usuário pode recuperar entradas nesse diretório ("Directory Traversal").
2. Que o AppArmor ou o SELinux, se estiverem instalados, estejam configurados pra permitir que o Apache (/usr/bin/httpd) acesse suas pastas.