Vou tentar.
Como faço isso?
Eita, no GParted selecionado o disco correspondente, que é no canto superior direito, com o mouse clica na linha da partição, deixando-a ativa, depois no menu Partição/Excluir.
O GParted não executa imediatamente a tarefa, aparece um quadro embaixo dizendo o que ele irá fazer.
Confirmando que é isso mesmo que você quer, então na símbolo verde (parece um tick) autorizando fazer.
Note que o disco (pendrive) precisa estar desmontado, pois se tiver montado o GParted não fará nada, nem formata e menos ainda exclui, então desmonte antes.
(Quando está montado aparece com o símbolo de chave (trancado) depois do nome da partição e antes dos pequenos quadrados coloridos)
Só tome o devido cuidado para não errar o destino.