Se a webcam funciona bem em outros ambientes (i.e. Facebook) ou softwares (cheese) e não funciona bem apenas no Skype, é de se supor seja um problema do Skype não do sistema operacional.
Não há muito o que fazer, o Skype é um software proprietário, da Microsoft, código fechado, ninguém tem acesso ao que há lá, logo, não serão soluções da comunidade opensource que irão consertar isso e sim a própria Microsoft.
Na verdade o desenvolvimento do Skype para Linux anda um tanto quanto defasado, nada obstante a boa vontade da Microsoft (será mesmo??) ou não querer ser acusada, principalmente na comunidade européia, de onde o Skype originalmente é proveniente (antes dos US$ 8 bilhões da compra pela Microsoft), de extinguir toda e qualquer concorrência, no exercício monopolista típico.
Quando se vai ao site do Skype lá consta para a versão 10.04 (espanto!!!) 32-bit do Ubuntu, nada menos que plataforma de 6 anos atrás e 12.04 multiarch, que na prática funciona nas versões atuais, pelo menos até a 16.04 (não testei na 16.10), mas evidentemente está patentemente defasada.
Entretanto, a boa notícia é que está em desenvolvimento pela Microsoft (sem muita pressa e que saiba sem prazo realmente definido) uma atualização do Skype para Linux, atualmente na versão alpha (início de projeto), já testado no Ubuntu 16.04, ou de forma mais completa nessas plataformas Linux:
Fedora 23
Ubuntu Gnome 16.04
Ubuntu 16.04
OpenSuse KDE 13.2
Debian 8.5
OpenSuse Leap 42.1 KDE
É um mínimo de alento saber que algo está sendo trabalhado nesse sentido.
O que você pode fazer é testar essa versão alpha aí (lembre-se que nem beta é) e ver o que acontece com sua webcam no Skype.
Aqui quando instalo numa versão 16.04 do Ubuntu ela funciona razoavelmente bem, som e webcam, inclusive tenho num determinado notebook uma webcam Acer assim identificada no sistema e que funciona bem em qualquer versão do Ubuntu usando o Skype, inclusive na versão de testes alpha:
lsusb
Bus 002 Device 008: ID 5986:02a8 Acer, Inc
Se o inglês não for um obstáculo intransponível, veja maiores informações aqui:
More information about Skype for Linux Alphahttps://support.skype.com/en/faq/FA34656/more-information-about-skype-for-linux-alphaA partir da página você conseguirá baixa a versao alpha, apenas que, salvo engano, ela se encontra em um pacote rpm, então precisa converter para deb.
Precisa olhar melhor lá na página, talvez haja uma versão deb, não vi isso intensivamente.
https://www.skype.com/en/download-skype/skype-for-linux/downloading-web/?type=weblinux-rpmPossivelmente você saiba como fazer, mas enfim, instale o pacote alien:
sudo apt install alien
depois, estando no diretório onde baixou o pacote rpm do Skype alpha, faça:
sudo alien to-deb <nome-do_arquivo-rpm>
Uma vez convertido, é só instalar:
sudo dpkg -i <nome-do-pacote-deb>
Concretamente:
sudo alien to-deb skypeforlinux-64-alpha.rpm
Vai gerar o arquivo:
skypeforlinux_1.12.0.4-2_amd64.deb
Depois instale fazendo:
sudo dpkg -i skypeforlinux_1.12.0.4-2_amd64.deb