Vou retirar o Unity, pois ví que o mesmo é bem pesado e existem outras interfaces mais leves, ou vou deixar no modo texto mesmo.
A questão mais relevante de fato é aquela já levantada pelo /galactus/, a razão pela qual um servidor de banco de dados estaria usando uma interface gráfica de desktop (e pior ainda, com Unity), o que em regra não faz o menor sentido, a menos que se tenha uma muito sólida razão para isso, que sequer posso imaginar qual seja.
Um servidor geralmente é uma unidade que deve ser deixada isolada e fisicamente segura, preferencialmente sem monitor e sem teclado, vez que deveria ser raro o acesso físico direto ao equipamento com essa função, sendo comum para administração do servidor e, assim, acesso às funcionalidades e configurações o uso do SSH (Secure Shell).
Há entretanto uma outra questão que é a interpretação do resultado do comando free.
Inicialmente use o formato
free -tm o qual empresta maior clareza ao raciocínio.
Note que usando de verdade, no sentido de memória alocada diretamente à programas executando, sua máquina estava usando apenas 1432, tendo livres 10568 de um total de 12000, o que havia é um uso da memória para buffers/cache, ou seja, havia uma enorme folga no sistema, o que geralmente não deveria estar implicando em nenhuma consequência de maior monta, exceto se de fato há uma necessidade de altíssima performance do servidor, mas aí a solução possivelmente já seria mais abrangente, envolvendo o conjunto do hardware e não apenas essa questão tópica e pontual de memória ram.
Esse link eventualmente pode ajudar a interpretar adequadamente o comando free:
Explicando o “free”, do Linux.
https://bitismyth.wordpress.com/2012/05/15/explicando-o-free-do-linux/Remontar buffers/cache evidentemente tem algum impacto na performance, pois se algo está em buufers/cache chegará em alguma medida mais rápido ao processador, mas isso está longe de poder ser comparado ao acesso swap à disco rígido e seu enorme tempo de latência.
A questão objetiva é: o seu banco de dados está lento?
Note que a solução muito frequentemente passa pelo gerenciamento de buffer no próprio SGBD (Sistema Gerenciador de Banco de Dados ou DBMS - Data Base Management System), que é distinto do gerenciamento efetuado pelo S.O.
Aqui um artigo antigo, mas muito didático e instrutivo sobre buffer cache em SGBD.
Banco de dados
Uma pequena introdução sobre Buffer Cache!
https://joaocosme.wordpress.com/2008/06/24/uma-pequena-introducao-sobre-buffer-cache/