Veja, /BetoCandel/,
Numa computador que não há Windows instalado em dual boot não há, em princípio, nenhum razão lógica para manter uma partição ntfs, exceto se houvesse uma condição muita especial de rede que exigisse isso, o que não parece ser o caso, já que suponho estarmos falando de um singelo computador doméstico.
O conceito que você está usando de infecção por vírus está um pouco equivocada. Não ocorrerá uma infecção pelo simples fato da partição estar em ntfs, não é isso, não é dessa forma que funciona. Se a partição de sistema for Linux não ocorrerá a infecção por vírus do Windows, já que programas executáveis do Windows (.exe) não 'rodam' nativamente na plataforma Linux. Um vírus não mais é que um programa de computador como qualquer outro e, assim, sujeito às limitações de plataformas normais, vale dizer, um vírus projetado para Windows não executa em Unix, do qual Linux é uma modalidade.
De toda forma, por uma questão de coerência, já que formatou a partição de sistema em ext4, use também esse mesmo formato na partição geral que reservou para arquivos. O formato ext4 é tão bom quanto qualquer outro para uso geral, aliás, é muito bom e seguro, pessoalmente é o que uso.