Executar o rc.local? É só chamar o nome do script na linha de comandos.
sudo /etc/rc.local
Já separar os comandos pra outro arquivo, bem, é exatamente isso... pega os comandos que vc colocou lá dentro, tira, e cria um novo arquivo com eles, tipo, firewall.sh, depois é só chamar o arquivo firewall.sh na hora que vc quiser.