Como não tenho o Lubuntu instalado e no momento nem mesmo um live-iso dele para verificar o problema relatado, não sei como corrigir a questão no ambiente gráfico, entretanto, parece-me que enquanto se procura alguma solução ou que possa vir algum auxílio dos participantes aqui do fórum, sugiro que faça o desmonte manualmente - na 'unha', como se diz - usando uma janela do terminal, para que não haja o risco de avaria dos arquivos lá existentes.
Possivelmente você já sabe abrir uma janela do Terminal acionando simultaneamente as teclas Ctrl Alt T, ou ainda digitando terminal lá na caixa de pesquisa (deve ter uma caixa de pesquisa Lubuntu, não tem?), mas na verdade não sei se é assim mesmo que se abre um terminal no Lubuntu. :-(
Qualquer dispositivo pode ser montado e desmontado pelo terminal.
Se o dispositivo não aparece no ambiente gráfico através do gerenciador de arquivos, ainda assim é possível ver onde e como ele está montado e a respectiva notação, usando o comando:
sudo fdisk -l
(no final do comando é um hífen seguido da letra ele)
Para desmontar use o comando:
sudo umount /dev/sdxn
onde o 'x' acima é a letra que concretamente aparece designando o dispositivo (por exemplo, b ou c), e 'n' é o número da partição representada, geralmente no caso de um pendrive será o número 1 (um), mas nada impede que fosse 2 ou 3, já que nada impede o particionamento de um pendrive em várias partições, pelo que ficará, como exemplo:
sudo umount /dev/sdb1
ou
sudo umount /dev/sdc1
Você ainda pode, querendo, mandar ejetar o dispositivo, como faria no ambiente gráfico, usando:
sudo eject /dev/sdx
Note que nesse caso não será necessário indicar o número da partição 'n', pois o que se quer é retirar o dispositivo como um todo, portanto, bastando indicar a letra do dispositivo. Como exemplo:
sudo eject /dev/sdb
ou
sudo eject /dev/sdc
Caso ocorra algum erro na execução do comando o sistema retornará uma mensagem de erro, nesse caso, havendo uma mensagem de erro, você não deverá retirar o dispositivo da entrada usb, porém se não retornar nenhuma mensagem de erro, então é seguro retirar o dispositivo.
Se quiser fazer como São Tomé e ver para crer, repita o comando 'sudo fdisk -l' explicado acima para confirmar se ejetou mesmo.
Nesse meio tempo, vamos ver se aparece alguém aqui que igualmente tenha o Lubuntu e possa auxiliar na correção do ambiente gráfico.
Acho que postei uma dia desses, não faz muito tempo, uma solução para um problema parecido com o seu, apenas que era para o Ubuntu, talvez a solução também se aplique ao Lubuntu, já que a base é a mesma, questão de ver. Vou ver se acho o tópico.