Se o aplicativo depende de gráficos, provavelmente vai exigir uma das bibliotecas de ambiente (gtk ou qt). Se for a primeira, vai funcionar melhor no Gnome. Se for a segunda, vai funcionar melhor no KDE. Resta saber que aplicativo é, e qual biblioteca usa.
Além disso, também é possível instalar o sistema, mas nunca usar sua interface gráfica. Ela está lá, mas não é ativada. Isso poupa bastante recurso.