Que pena que está dando problema. Mas o programa chega a sincronizar, mesmo sem o ícone?
A interface e o ícone em si não têm muita função, já que a integração com desktop linux nem é tão grande. A maior parte das ações (como compartilhar arquivos) é feita pela interface web.
Espero que consigam ajeitar isso logo. Na verdade já ouvi reclamações de vários aplicativos cujos ícones de notificação ficam com problema.