vc deve colocar o arquivo em uma pasta da sua home e criar um entrada pra ele no arquivo autostart
por exemplo:
~/.conky/MEU_SCRIPT.sh
ai adiciona isso no seu autostart
#inicia meu conky
~/.conky/MEU_SCRIPT.sh &
deve funcionar! tenho isso no meu Openbox, mas faz muito tempo que configurei. não estou com o note aqui pra verificar, caso não funcione posta aqui eu olho no meu note como está!