Eu prefiro uma instalação limpa, mas nao descarto uma atualizaçao
ate mesmo porque se ocorrer algum problema com a nova instalação como vc vai saber se o problema foi um residuo da instalação anterior ou a nova isntalação que esta originando o problema, entende???
se vc faz uma instalação do zero, e tem alguma imcompatibilidade vc sabe que o problema e da instalação nova e pode correr atras de acertar.
Se fez um upgrade acho que ha mais variaveis para verificar no caso de erros...se bem que pode ate parecer engraçado, mas ja vi casos de atualização que ficou otima e na mesma maquina uma isntalação limpa posterior apresentar erro em algum aplicativo, ou seja, e como se a aplicação do ubuntu anterior passasse os parametros para a nova funcionar adequadamente.
La na home do ubuntu toda vez que se migra de uma versao para outra o time de desenvolvimento deixa la um relatorio com as imcompatibilidades que vc pode ter.